En 1993 los rojos vivieron un memorable 3-1 a Newell’s Old Boys por el Torneo Apertura 1993, partido que significó el regreso de Diego Maradona al fútbol argentino, luego de su carrera por Europa. La final se la disputó contra Boca Juniors empatando en cero los dos partidos, situación que se desempató mediante una definición por penales que dio como ganador al xeneize, equipaciones futbol perdiendo por primera vez la final de un torneo sudamericano.
Hacia el minuto 25 los Bichos Colorados iban ganando 0-2, y aunque antes del final del primer tiempo logró descontar José Percudani, esta vez fue Independiente el que no pudo alcanzar el empate y quedó afuera de la copa, nueva camiseta del barcelona tirando abajo la chance de llegar rápidamente al octavo título. En dicha instancia el grupo que integró lo conformó junto a Argentinos Juniors y Blooming, con el dato de que por primera vez se enfrentaba a un equipo boliviano.
